| 決 勝 | 2001.01.08 | 国立競技場 | 国見（長崎） | 草津東（滋賀） | |
|---|---|---|---|---|---|
| 準決勝 | 2001.01.07 | 国見（長崎） | 富山一（富山） | ||
| 草津東（滋賀） | 青森山田（青森） | ||||
| 準々決勝 | 2001.01.05 | 三ツ沢公園球技場 | 遠野（岩手） | 草津東（滋賀） | |
| 東北（宮城） | 富山一（富山） | ||||
| 駒沢陸上競技場 | 真岡（栃木） | PK(3-5) |
青森山田（青森） | ||
| 国見（長崎） | 武南（埼玉） | ||||
| ３回戦 | 2001.01.03 | 三ツ沢公園球技場 | 草津東（滋賀） | 星陵（石川） | |
| 東北（宮城） | 明徳義塾（高知） | ||||
| 駒沢陸上競技場 | 青森山田（青森） | 鹿児島城西（鹿児島） | |||
| 修徳（東京B） | 富山一（富山） | ||||
| 千葉総合運動場 | 日章学園（宮崎） | 国見（長崎） | |||
| 前橋商（群馬） | 遠野（岩手） | ||||
| 浦和駒場 S | 武南（埼玉） | PK(3-1) |
清水商（静岡） | ||
| 丸岡（福井） | 真岡（栃木） | ||||
| ２回戦 | 2001.01.02 | 三ツ沢公園球技場 | 草津東（滋賀） | 桐蔭学園（神奈川） | |
| 東北（宮城） | 広島皆実（広島） | ||||
| 等々力陸上競技場 | 星陵（石川） | PK (5-4) |
帝京長岡（新潟） | ||
| 市立船橋（千葉・前年優勝） | PK(3-5) |
明徳義塾（高知） | |||
| 駒沢陸上競技場 | 東海大菅生（東京A） | 鹿児島城西（鹿児島） | |||
| 青森山田（青森） | 暁（三重） | ||||
| 西が丘サッカー場 | 修徳（東京B） | 耳成（奈良） | |||
| 大分（大分） | PK(5-6) |
富山一（富山） | |||
| 習志野秋津 | 遠野（岩手） | 各務原（岐阜） | |||
| 前橋商（群馬） | PK(5-4) |
久御山（京都） | |||
| 千葉総合運動場 | 渋谷教育幕張（千葉） | 日章学園（宮崎） | |||
| 帝京三（山梨） | 国見（長崎） | ||||
| 浦和駒場 S | 真岡（栃木） | 初芝橋本（和歌山） | |||
| 丸岡（福井） | PK(5-3) |
宮古（沖縄） | |||
| 川越運動公園 | 水戸短大付（茨城） | PK (4-5) |
武南（埼玉） | ||
| 清水商（静岡） | 東海大五（福岡） | ||||
| １回戦 | 2000.12.30 | 国立競技場 | 市立船橋（千葉・前年優勝） | 淞南学園（島根） | |
| 2000.12.31 | 三ツ沢公園球技場 | 中京大中京（愛知） | 明徳義塾（高知） | ||
| 星陵（石川） | 高松商（香川） | ||||
| 等々力陸上競技場 | 桐蔭学園（神奈川） | 大阪朝鮮高（大阪） | |||
| 郡山（福島） | 草津東（滋賀） | ||||
| 駒沢陸上競技場 | 修徳（東京B） | PK(4-2) |
大津（熊本） | ||
| 旭川実（北海道） | 耳成（奈良） | ||||
| 西が丘サッカー場 | 青森山田（青森） | PK(5-3) |
多々良学園（山口） | ||
| 松商学園（長野） | 暁（三重） | ||||
| 習志野秋津 | 遠野（岩手） | 徳島商（徳島） | |||
| 各務原（岐阜） | 境（鳥取） | ||||
| 千葉総合運動場 | 帝京三（山梨） | 岡山理大付（岡山） | |||
| 西目（秋田） | 国見（長崎） | ||||
| 浦和駒場 S | 武南（埼玉） | 新居浜西（愛媛） | |||
| 水戸短大付（茨城） | 佐賀北（佐賀） | ||||
| 川越運動公園 | 真岡（栃木） | 神戸弘陵（兵庫） | |||
| 山形中央（山形） | 初芝橋本（和歌山） |
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