- ベーチェット病
- 多発性硬化症
- 重症筋無力症
- 全身性エリテマトーデス
- スモン
- 再生不良性貧血
- サルコイドーシス
- 筋萎縮性側索硬化症
- 強皮症・皮膚筋炎および多発性筋炎
- 特発性血小板減少症
- 結節性動脈周囲炎
- 潰瘍性大腸炎
- 大動脈炎症候群
- ビュルガー病
- 天疱瘡
- 脊髄小脳変性症
- クローン病
- 劇症肝炎
- 悪性関節リウマチ
- パーキンソン病（生活機能症度 2度または3度)
- 原発性アミロイドーシス
- 脊柱靭帯骨化症（著しい運動機能障害を伴うもの)
- ハンチントン舞踏病
- ウィリス動脈輪閉塞症
- ウェゲナー肉芽腫症
- 特発性拡張型（鬱血型）心筋症
- シャイ・ドレーガー症候群
- 表皮水泡症（接合部型および栄養障害型）
- 膿皮性乾癬
- 広範脊柱管狭窄症（生活機能症型2度または3度）
- 原発性胆汁性肝硬変
- 重症急性膵炎
- 特発性大腿骨頭壊死症
- 混合性結合組織病
- 特発性免疫不全症候群
- 特発性間質性肺炎（重傷度｡度または｢度）
- 網膜色素変性症（重症度2度、3度または4度）
- クロイツフェルト・ヤコブ病
- 原発性肺高血圧症
- 神経線維腫症
- 亜急性硬化症全脳炎
- バッド・キアリ（Budd-Chiari）症候群
- 突発性慢性肺血栓塞栓症（肺高血圧型）
- ファブリー（Fabry）病
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